公共小型巴士是只可接載最多16人的小型公車。綠色專線小巴按固定的路線、班次和收費提供服務。紅色小巴運作靈活，並沒有固定路線、班次、服務時間及收費水平，乘客可於公共小巴禁區以外區域上下車。
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| 路線號碼及總站位置 |
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| 1 |
西貢——九龍灣（德福花園） |
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| 1A |
西貢——彩虹公共運輸總站 |
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| 1S |
西貢——彩虹公共運輸總站（通霄服務：上午 12:30 - 上午 6:10） |
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| 2 |
西貢——北港 |
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| 3 |
西貢——菠蘿輋 |
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| 3A |
西貢——南山新村 |
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| 4 |
西貢——對面海 |
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| 4A |
西貢——對面海（海濱別墅） |
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| 7 |
西貢——海下 |
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| 9 |
麥理浩夫人度假村——西貢 |
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| 11 |
坑口村——彩虹站（龍翔道） |
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| 11A |
坑口村——坑口站公共運輸交匯處 |
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| 11M |
坑口站公共運輸交匯處——香港科技大學 |
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| 12 |
西貢——寶林 |
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| 16 |
寶林——布袋澳 |
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| 101M |
坑口站——西貢 |
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| 103 |
清水灣——觀塘碼頭 |
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| 103M |
將軍澳站公共運輸交匯處——清水灣 |
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| 104 |
香港科技大學——觀塘 |
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| 109M |
清水灣半島——坑口站 |
.jpg "西貢碼頭公共小巴總站")